Автор Тема: Конец РНК мира.  (Прочитано 30580 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Конец РНК мира.
« : 29.11.2010, 18:11:04 »
Интересная статья.
BioEssays 2010
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.201000058/pdf
РНК мира по-видимому не было.
The RNA dreamtime
Modern cells feature proteins that might have supported a prebiotic polypeptide world but
nothing indicates that RNA world ever was.
« Последнее редактирование: 29.11.2010, 18:14:17 от Nikolai M. »

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #1 : 29.11.2010, 19:56:18 »
 :) И кто бы сомневался. Я уже раз десять здесь про это говорил - и с аргументами.
Статья не в свободном доступе, однако. А по резюме немногое можно сказать, только то, что вывод сделан по некой модели.
« Последнее редактирование: 29.11.2010, 20:03:48 от Лунный А.Н. »

Оффлайн Сергей_54

  • Сообщений: 19596
    • Атеист
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #2 : 29.11.2010, 21:04:30 »
Nikolai,

Вот реферат http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20806270?dopt=Abstract  , переведите плз квалифицированно с англо-биохимического. Какая-то новая гипотеза - RNP world ?

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #3 : 29.11.2010, 23:11:23 »
Где здесь у нас Павел Муров? :) Вот пусть переведет нам реферат квалифицированно, да с толкованиями.

Оффлайн Сергей_54

  • Сообщений: 19596
    • Атеист
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #4 : 29.11.2010, 23:15:56 »
Где здесь у нас Павел Муров? :) Вот пусть переведет нам реферат квалифицированно, да с толкованиями.

Ничего не имею против, только за. Я и сам бы перевел, да боюсь в терминах напутать.

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #5 : 29.11.2010, 23:29:15 »
Ничего не имею против, только за. Я и сам бы перевел, да боюсь в терминах напутать.
:) Я бы не напутал, да любопытно, как истолкует нам Павел Муров. Это ведь вполне по его профилю. Биохимик, а называет себя атеистом почему-то, когда должен быть по крайней мере агностиком. (Вообще же из реферата мало что ясно. ;))

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #6 : 30.11.2010, 13:01:48 »
Nikolai,Вот реферат http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20806270?dopt=Abstract  , переведите плз квалифицированно с англо-биохимического. Какая-то новая гипотеза - RNP world ?
Прочитал статью. Речь идет в том числе о том что
1. Раньше считалось что созревание тРНК которое зависит от РНК-азы RNAase P зависит от наличия РНК: РНК-аза П пример Рибо3има.
2. Теперь нашли формы РНК-азы работающую без РНК.
3. Филогенетический анализ показал, что эти формы более древние.
4. Потом обсуждается вопрос о роли Рибо3имов в бактериальных рибосомах и показывается решающая роль пептидов.
5. Потом на основе молекулярной филогении утверждается вторичная потеря археями пептидных компонентов.
В общем статья довольно интересная, хотя носит еще во многом гипотетический характер. Если будет надо могу переслать оригинал кому нибудь из Вас.
« Последнее редактирование: 30.11.2010, 14:22:25 от Nikolai M. »

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #7 : 30.11.2010, 13:17:48 »
Прочитал статью. Речь идет в том числе о том что
1. Раньше считалось что созревание трансферной РНК которое зависит от РНК-азы П зависит от наличия РНК: РНК-аза П пример Рибоцима.
2. Теперь нашли формы РНК-азы работающую без РНК.
3. Филогенетический анализ показал, что эти формы более древние.
4. Потом обсуждается вопрос о роли Рибоцимов в бактериальных рибосомах и показывается решающая роль пептидов.
5. Потом на основе молекулярной филогении утверждается вторичная потеря археями пептидных компонентов.
В общем статья довольно интересная, хотя носит еще во многом гипотетический характер. Если будет надо могу переслать оригинал кому нибудь из Вас.
Не очень-то понятно. И потом у вас какие-то термины странные: что такое "трансферная РНК"? Это "тРНК"? Вообще-то я почти не видел термина "трансферная" для тРНК, но может и есть такой.
И что такое "РНКаза П"? Это вы так РНКазу P обозначаете, что ли? :) Замысловато у вас выходит. "Рибоцим" еще...

Если не затруднительно, то вышлите мне, пожалуйста, версию. Мой адрес в Интернете кругом (да и вы, помнится, знаете).

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #8 : 30.11.2010, 14:21:27 »
Не очень-то понятно. И потом у вас какие-то термины странные: что такое "трансферная РНК"? Это "тРНК"? Вообще-то я почти не видел термина "трансферная" для тРНК, но может и есть такой.
И что такое "РНКаза П"? Это вы так РНКазу P обозначаете, что ли? :) Замысловато у вас выходит. "Рибоцим" еще...

Если не затруднительно, то вышлите мне, пожалуйста, версию. Мой адрес в Интернете кругом (да и вы, помнится, знаете).
Лунный
я на русском почти не общаюсь в научной среде поэтому
transfer RNA это транспортная
РНК-аза П это RNAse P
Рибоцим это Рибозим.

Оффлайн Сергей_54

  • Сообщений: 19596
    • Атеист
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #9 : 30.11.2010, 14:26:40 »
Прочитал статью. Речь идет в том числе о том что
1. Раньше считалось что созревание тРНК которое зависит от РНК-азы RNAase P зависит от наличия РНК: РНК-аза П пример Рибо3има.
2. Теперь нашли формы РНК-азы работающую без РНК.
3. Филогенетический анализ показал, что эти формы более древние.
4. Потом обсуждается вопрос о роли Рибо3имов в бактериальных рибосомах и показывается решающая роль пептидов.
5. Потом на основе молекулярной филогении утверждается вторичная потеря археями пептидных компонентов.
В общем статья довольно интересная, хотя носит еще во многом гипотетический характер. Если будет надо могу переслать оригинал кому нибудь из Вас.

Спасибо. А что такое RNP world ?


Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #10 : 30.11.2010, 14:35:02 »
Спасибо. А что такое RNP world ?
RNP: рибонуклеопротеины: протеины содержащие РНК

Оффлайн Сергей_54

  • Сообщений: 19596
    • Атеист
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #11 : 30.11.2010, 15:02:54 »
RNP: рибонуклеопротеины: протеины содержащие РНК
А почему  RNP world? И чем этот world характеризуется?

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #12 : 30.11.2010, 15:47:46 »
Лунный
я на русском почти не общаюсь в научной среде поэтому
<...> РНК-аза П это RNAse P
:D Скорее наоборот выходит.

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #13 : 30.11.2010, 21:16:22 »
А почему  RNP world? И чем этот world характеризуется?
это гипотетический этап по аналогии с РНК миром.

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #14 : 30.11.2010, 22:19:14 »
это гипотетический этап по аналогии с РНК миром.
А как там сказано, белки одновременно с РНК появились, или как-то так, до или после? И какие белки - сложные или не очень?
Вообще статья странная, если судить по реферату. Заумная какая-то.

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #15 : 30.11.2010, 22:20:46 »
Вообще статья странная, если судить по реферату. Заумная какая-то.
Я Вам уже днем прислал статью на Ваш адрес. Получили?

Оффлайн Nikolai M.

  • Сообщений: 4697
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #16 : 30.11.2010, 22:23:07 »
А как там сказано, белки одновременно с РНК появились, или как-то так, до или после? И какие белки - сложные или не очень?
В принципе конечно есть у автора теория. Но мне кажется это дело второе. Интереснее разбор вопроса о РНК мире. В принципе я тут (РНК мир и всякие РНК-азы П) скорее профан, поэтому и выставил на обсуждение. Вам должно быть ближе.

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #17 : 30.11.2010, 22:33:19 »
Я Вам уже днем прислал статью на Ваш адрес. Получили?

Вот спасибо. Сейчас посмотрю. Я почту проверял только утром.

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #18 : 30.11.2010, 22:39:08 »
Всё получил, глубокая благодарность.
Перво-наперво, еще не читая, я включил в PDF поиск на "repair".  Не встречается ни разу. А это значит, что одну глобальную и нерешаемую проблему абиогенеза они и не рассматривают.

Вот сейчас читаю.

Оффлайн Лунный А.Н.

  • Сообщений: 33094
    • Православный
Re: Конец РНК мира.
« Ответ #19 : 30.11.2010, 23:38:55 »
Замысловатая статья. Рассматриваются последовательно какие-то заведомые допущения, нередко являющиеся умозрительными гипотезами в  рамках механизма РНК-мира (такой-то предложил так-то и пр.). И логически, а также на фактах из реальной биохимии живого, показывается несостоятельность этих гипотез (которые и так с большими допущениями).
 К примеру, разбирается гипотеза о пребиотическом белковом мире, который предшествовал РНК. Говорится, что могли быть исходно пребиотические полипептиды, которые эволюционировали потом путем протеолиза. При протеолизе разрушалось случайное то-то, шла как бы селекция, и случайно возникли таким образом, де, каталитические полипептиды. Потом это критикуется: не выходит, дескать, белки сами по себе, себе предоставленные, начинают иметь такую структуру, что это не проходит в плане протеолиза.
Но откуда сама-то такая исходная гипотеза может следовать, насчет селекции протеолизом (и протеазы откуда), как и вообще первичный мир белков.
Еще пример. Сравниваются те или иные каталитические свойства рибозимов и известных клеточных ферментов, являющихся рибонуклеопротеидами. Оказывается, катализ может идти и в отсутствии в них РНК, только одним белком. Зачем тогда нужны рибозимы, говорится. Тем более, что их каталитические активности такие-то на много порядков ниже, чем у клеточных белков-ферментов. И пр.
В конце рассматривается, что должно было быть  образовано в комплексе, чтобы РНК-мир (рибонуклеопротеинов) смог возникнуть и существовать. Должно быть три неких инновации из пребиотического. Во-первых, экспансия функций конкретно РНК в белки, а во-вторых - развитие комплементарного копирования РНК с комплементарных полинуклеотидов. "Это должно произойти, когда случайный синтез полирибонуклеотидов, зависимый от полипептидов, трансформируется в энзиматический механизм копирования". (Но почему он должен трансформироваться? То есть, сначала идет не каталитический синтез, а просто химическое сродство и пр., а потом он как-то "трансформируется в энзиматический". Интересно, как же?)
Третья детерминанта-инновация - возникновение связи (корреляции, однозначного соответствия) между индивидуальными генетическими единицами и их продуктами, что и даст возможность и проходить селекции отбором (т.е., должна иметься однозначная связь между синтезированным продуктом, а не просто каким-то полипептидом с какой-то последовательности РНК).
"Каждая из этих трех инноваций должна рассматриваться как спонтанная в химии белков, т.е., появление каждой инновации должно быть случайным. Однако все эти три инновации должны возникнуть сразу при переходе от пребиотической к биотической системе". Далее автор намекает на малую вероятность, что и понятно.

И т.д. Словом, еще раз: рассматривается философия частных гипотез, имеющих огромные допущения и дыры, и логически (и исходя из известных свойств известных РНП тоже) выходит, что даже они, эти гипотезы РНК-мира и рибонуклеопротинового мира (когда и РНК, и белки) несостоятельны.

Мне непонятно, зачем так сложно. Достаточно сказать, что любая матрица, что ДНК, что РНК, требует постоянной починки и защиты, а иначе скоро говорить о некоем кодировании чего-то конкретного будет невозможно в принципе. Не окажется на земле очень быстро и двух одинаковых молекул РНК или ДНК, несмотря даже на гипотетическое их воспроизводство. Нужны белки защиты и, особенно, репарации. Белки крайне большие и сложные. Откуда они возьмутся в пребиотическом мире, причем сразу, вместе с РНК?

Но статья интересная и, главное, полезная как научная информация и ссылка определенного плана.

 

Пожертвования на работу форума "Православное кафе 'Миссионер'"
можно отправлять по приведенным ниже реквизитам"

R412396415730
E210633234893
Z101437155470

41001985760841



Рейтинг@Mail.ru